Кордон
Здесь начинается действие игры. Кордон — своего рода «предбанник» Зоны, дорога в её глубины. В основном здесь собираются новички или сталкеры, вернувшиеся из глубокого рейда. Совсем недалеко Периметр — граница зоны. В единственной заброшенной деревне расположен лагерь, где опытные сталкеры натаскивают «зелёных» напарников. В начале игры в лагере главный сталкер по кличке Волк, затем он уходит в рейд (его, живого или мертвого, можно встретить на локации «Армейские склады»), командиром новичков становится Фанат. Неподалёку располагается бункер, где живёт торговец Сидорович. Из примечательных мест, кроме вышеперечисленных, можно отметить лишь старое АТП, где сталкеры регулярно выясняют отношения с бандитами, военную заставу и аванпост военных у железнодорожного моста. Также можно найти перевернувшийся грузовик, который показан в начальном ролике. На равнинах Кордона обитают небольшие стаи слепых псов, стада плотей и кабанов. Радиационный фон в целом нормальный, однако в некоторых местах (железнодорожная насыпь, опрокинутый грузовик) можно напороться на очаги повышенной радиации. Изредка встречаются недорогие артефакты. Из группировок встречаются: одиночки, бандиты, военные. В одном из эпизодов локацию посещают наёмники.

Свалка
Следующая после Кордона территория, перекрёсток дорог между многими локациями. Место захоронения заражённой техники после аварии 1986 года. На юго-востоке расположен небольшой лесок, переходящий в небольшое болото. На востоке сильно радиоактивная низменность, место обитания кабанов. В центре локации находится железнодорожное депо, предмет постоянных притязаний бандитов. Новички и уставшие сталкеры подвергаются постоянным их нападениям. Радиационный фон повышен на значительной территории, особенно на кладбище техники и кучах радиоактивного мусора, однако в них можно найти много недорогих артефактов. По мере прохождения игры локацию заселяют стаи псевдособак. Из группировок встречаются: одиночки, бандиты, Долг (блокпост около перехода на локацию Бар).

НИИ «Агропром»
Территория бывшего института, за которую постоянно борются одиночки, бандиты. Определенный интерес к заброшенному институту проявляют военные. На западе расположен небольшой пруд, засоренный остатками техники. На юге в роще обитают матёрые кабаны, на равнинах псевдособаки. Радиационный фон заметно повышен на некоторых территориях. В аномальных зонах можно найти большое количество недорогих артефактов, встречаются и неплохие экземпляры. Из группировок встречаются: военные, бандиты, одиночки. По мере прохождения на территории начинают встречаться кровососы.

Подземелье НИИ «Агропром»
Небольшой лабиринт под землёй, остаток бывшего исследовательского комплекса. В его туннелях находится тайник Стрелка. У выхода на поверхность обосновались бандиты. Радиационный фон в пределах нормы, однако повсеместно встречаются аномалии типа «Холодец» и «Электра». Из монстров встречаются контролёр и кровососы. В подземельях находятся бандиты и военные.

Тёмная Долина
Странное место. Здесь довольно тихо, однако заброшенные здания в Долине облюбовали бандиты под предводительством Борова. Радиационная обстановка в целом нормальная, хотя в отдельных местах сильно «фонит». Весьма много разнообразных аномалий. Внимательный игрок имеет шанс найти здесь дорогие и полезные артефакты. У перехода на Кордон группа одиночек-мошенников (пытаются обмануть игрока, подбивая купить «Гаусс-пушку» за небольшую сумму) заняла заброшенные свинарники. Повсеместно встречаются кабаны и плоти, на равнине к востоку можно встретить уникальную особь кровососа, которая не боится дневного света. Из группировок встречаются: бандиты, Долг, одиночки, военные.

Лаборатория X-18
Одна из нескольких подземных лабораторий. Из аномалий встречаются «Жарка», «Комета», «Воронка», «Холодец». Людей нет (лишь несколько военных-спецназовцев преграждают обратный путь наверх), а вот монстров достаточно: пара снорков, несколько полтергейстов и псевдогигант. Радиационный фон нормальный.

Бар
Часть заброшенного завода «Росток», контролируемая Долгом. Это, в некотором роде, «оазис» Зоны, безопасное место без аномалий и мутантов, где можно спокойно отдохнуть, закупить снаряжение или получить новые задания. Здесь расположена тщательно охраняемая база Долга. Кроме того, имеется «Арена», где можно поучаствовать в боях и заработать немалые деньги. Ну и наконец, здесь расположен собственно бар с ироничным названием «100 рентген». В баре заправляет торговец — Бармен, который даст игроку большое количество заданий. Также в баре есть осведомитель, у которого можно купить информацию и также получить задание. Из группировок встречаются одиночки и Долг.

Дикая Территория
Северная часть завода «Росток»; по всей видимости, что-то вроде заводской железнодорожной станции. На западе после входа на локацию расположен лагерь наёмников, настроенных к игроку враждебно. Из аномалий встречаются «Жарка», «Холодец», «Электра»; «Жаркой» образованы почти все местные артефакты. Радиационный фон значительно повышен внутри ряда сооружений. Здесь обитают разнообразные монстры (снорки, кровососы, слепые и псевдособаки, тушканы, зомби), что оправдывает её название. В туннеле возле разбитого вертолета лежит труп Гордона Фримена и модифицированный пистолет. Группировки, встречающиеся здесь — это прежде всего наемники, а также ученые, одиночки и Долг, в отдельные моменты игры можно увидеть и бандитов.

Янтарь
Также заброшенный завод и его окрестности. На дне пересохшего озера располагается небольшой мобильный лагерь учёных. Значительная часть территории находится под интенсивным пси-излучением, и по всей территории бродят агрессивные зомби и снорки. Аномалии и открыто лежащие артефакты почти не встречаются. При подъёме на холмы есть риск оказаться в зоне повышенной радиации. Из монстров встречаются зомби, снорки, псевдогигант. Группировки: ученые, после прохождения Х-16 — Долг, одиночки.

Лаборатория X-16
Секретная лаборатория под заброшенным заводом «Янтарь». Здесь находится установка в виде огромного мозга в ёмкости, генерирующая пси-поле. Встречаются снорки, контролёр и большое количество зомбированных сталкеров.

Армейские склады
Окрестности заброшенного военного склада. На востоке, на самом складе, расположена база Свободы. На хуторе возле дороги на Бар расположился отряд Долга. На западе в низине расположена заброшенная деревня, в которой обитает стая кровососов и контроллер. На северо-западе расположен небольшой аванпост наемников. На северо-востоке есть небольшое болотце, окруженное минным полем. Примечательно оно тем, что здесь, в маленькой хижине, живет умалишенный «свободовец». На севере, возле дороги к «Выжигателю мозгов» расположена «свободовская» застава «Барьер», постоянно атакуемая с Радара отрядами Монолита и стаями нечисти. Также на восток от деревни расположен небольшой лагерь одиночек. Группировки: Свобода, Долг, Монолит, одиночки, наемники.

Радар
Мертвый лес и окрестности брошенной военной РЛС. Вся локация накрыта мощным пси-полем, пока игрок не отключит пресловутый «Выжигатель». Дорогу к бункеру — центру управления излучателем прикрывают многочисленные и неплохо вооруженные отряды «монолитовцев». Много аномалий, сильное ионизирующее излучение, особенно возле автомобилей и других металлических конструкций. В Мертвом лесу много зомби, снорков, кровососов и единственная пси-собака. Группировки: Монолит, а после отключения «Выжигателя» сюда хлынут одиночки, передовые отряды Свободы, Долга и подразделения армейского спецназа.

Лаборатория X-10
Поистине страшное место. Тут сыро и царит полумрак — излюбленное место кровососов, коих здесь несколько особей. Где-то здесь находится аварийный выключатель «радара», однако найти его в мрачных лабиринтах лаборатории не так-то просто. После отключения установки по тревоге прибывает большой отряд «Монолита».

Припять
Город сделан по снимкам реальной Припяти, многие места хорошо проработаны. Полностью воссоздан ансамбль зданий в центре города, имеются и другие объекты, но однако их расположение отличается от реальности. Сам город в игре гораздо меньше и находится строго южнее ЧАЭС, тогда как в жизни он северо-западнее. Припять относится к центру Зоны, а следовательно, из людей там остались только «монолитовцы». В ней неблагоприятный радиационный фон, много аномалий и присутствуют артефакты. Мутантов на улицах практически нет. Из группировок встречаются: одиночки, Долг, Свобода, военные сталкеры (участвуют в штурме), Монолит.

ЧАЭС (подход к станции)
Архитектура практически полностью соответствует реальности. При достижении локации, возврат назад невозможен. На подходе к станции игрок сталкивается с прорывающимися к саркофагу военными. После прохода за ворота начинается отсчёт времени до выброса, за которое игрок обязан добежать вдоль турбинного зала к входу в саркофаг. Здесь придётся столкнуться с крупными силами военных и Монолита.

Саркофаг
Через люк игрок проникает внутрь саркофага. Здесь темно и царит тишина, Периодически раздается мощный голос Монолита, который зовет Сталкера словами: «Твой путь завершается, иди ко мне…». Здесь прячутся сектанты Монолита в экзоскелетах, поэтому придется применить большие усилия. В секретном помещении под реактором можно достать патроны и экзоскелет, однако радиация в этом месте очень высокая. Пройдя к Монолиту, можно обнаружить одну из пяти так называемых «ложных» концовок.

Управление Монолитом
Извилистый коридор заканчивающийся комнатой с установкой управления пси-установкой Монолит. Охраняется усиленными отрядами группировки Монолит.

ЧАЭС (открытое пространство)
Северная часть 3-го и 4-го блоков ЧАЭС. Здесь расположен саркофаг над разрушенным реактором, основные коммуникации станции и работающие генераторы Зоны. Почти все объекты достоверно воссозданы с фотографий. На поверхности земли смертельный радиационный фон, продвижение возможно по надземным трубопроводам через систему телепортов. Этому активно мешают члены группировки Монолит. После прохода игрока через все телепорты наступает вторая «истинная» концовка игры.